试管婴儿畸形的原因可能跟染色体的异常，备孕女性年龄过高，试管后感染疾病等等，试管婴儿畸形会受很多因素的影响，具体的原因还是要根据医院的检查来判断。
每个备孕的夫妻都想要一个健康可爱的宝宝，做了试管婴儿后，有一部分人会因为染色体的异常而导致胎儿的畸形，染色体的异常一般会因为患有遗传性疾病，正常男性的染色体是46XY女性的染色体是46xx如果染色体发生了变异，使原本正常的染色体出现45XY或者是47XX等，染色体条数减少或者增多的情况就会导致试管婴儿的畸形。
像试管胎儿畸形也会受到高龄女性的影响，对于高龄的孕妇来说，不管是在试管婴儿流产率或者是试管婴儿畸形率上，都要比年轻的女性要高很多，对于年龄过高的女性卵子的质量也会有一定的退化，所以比较容易引起胎儿染色体变异，试管婴儿出现畸形的可能性也会比较高。
还有一些疾病，比如胚胎移植后，女性患上了脑垂体瘤或者肾上腺病等等，就会导致身体内的雄性激素分泌过多，本来是男孩的宝宝受激素的影响也会慢慢出现女生的特征，导致试管婴儿出现畸形。
一般试管胎儿移植后的前三个月是胎儿发育的关键时刻，除了医生建议用的保胎药，其他的一些药物还是不建议孕妈用的很有可能就会引发胎儿的畸形，除了以上这些可能会导致试管婴儿畸形因素，建议试管胚胎移植后的女性不要去接触流浪猫或者流浪狗也会导致胎儿畸形。